Le Gabon est situé en Afrique centrale, à hauteur de l’équateur. Son climat est de type équatorial, chaud et humide, avec une alternance de saisons sèches et de saisons des pluies au cours de l’année. On distingue deux saisons humides (février-mai, grande saison des pluies et septembre-décembre, petite saison des pluies) et deux saisons sèches (mai-septembre, grande saison sèche et décembre-janvier, petite saison sèche).

Les températures moyennes sont comprises entre 21 °C au sud-ouest du pays (Port-Gentil, Lambaréné, Mouila, Tchibanga, Mayumba) et 27 °C sur la côte et à l’intérieur du pays. Les extrêmes vont de 18 °C à 35 °C. Les précipitations varient de 1 500 mm au nord-est et dans les régions de savane à 3 300 mm au nord-ouest et au sud-ouest. Le taux d’humidité atmosphérique est en moyenne de 85 %, il peut atteindre 100 % en saison des pluies.

On distingue trois types de relief :

• les plaines côtières (larges de 20 à 300 km) à l’ouest du pays ; les plaines et dépressions (plaines karstiques de la Nyanga et de la Ngounié, plaine de la Lopé, plaines de la région des Lacs - aux alentours de Lambaréné) ; les deltas maritime et intérieur de l’Ogooué.
• les massifs montagneux qui comprennent les monts de Cristal au nord-est de Libreville, le massif du Chaillu au centre (culminant à 1 020 mètres au mont Milondo) et le massif de Mayombe qui s’étend sur 800 km parallèlement à la côte de l’Atlantique;
• les plateaux et collines. Le plus grand ensemble de plateaux est localisé au nord-est (Woleu-Ntem et Ogooué-Ivindo) ; les plateaux Batéké, à l’est de la province du Haut-Ogooué, présentent un paysage de savane au milieu de la forêt.

77 à 85 % du territoire est recouvert par la forêt. Le Gabon possède ainsi le plus fort taux de superficie forestière par habitant en Afrique. La longueur du littoral est de 885 km. Le point culminant du Gabon est le mont Bengoué, 1 070 mètres? (), dans le nord-est du pays dans la province de l’Ogooué-Ivindo.

Le bassin hydrographique de l’Ogooué couvre l’essentiel du territoire gabonais. C’est la raison pour laquelle cinq des neuf provinces administratives portent son nom. L’Ivindo, qui draine le quart nord-est du pays, et la Ngounié en sont les principaux affluents.

Le second bassin versant est celui de la Nyanga, le fleuve le plus méridional du pays. Le troisième est celui du Komo, qui prend source en Guinée équatoriale. C’est son estuaire, où est installée Libreville, qui a d’abord attiré les Européens au Gabon, plutôt que le delta marécageux de l’Ogooué. Le Ntem, au nord, sert partiellement de frontière avec le Cameroun.